Die Sammlung des Veterinär-Anatomischen Institutes umfasst anatomische und embryologische Präparate und Demonstrationsobjekte, die im Rahmen der veterinärmedizinischen Ausbildung Verwendung finden und von den Studierenden im Selbststudium genutzt werden können. Zu den Exponaten gehören neben Präparaten auch Modelle, Gipsabgüsse und Plastiken. Sie vermitteln Informationen zur Anatomie der Organsysteme der Haussäugetiere, Vögel, Reptilien, Kleinsäuger sowie einer Auswahl von Zoo- und Wildtieren.

Von den weltweit über 2.600 öffentlichen botanischen Sammlungen, in denen über 300 Millionen Pflanzenbelege aufbewahrt werden, zählt das Leipziger Herbarium zu den traditionsreichsten. Es wurde 1806 von Chr. F. Schwägrichen (1775 – 1853) gegründet und ist das älteste Universitätsherbarium Deutschlands. Die Sammlung ist in erster Linie eine Forschungssammlung mit Teilsammlungen, die speziell für die studentische Ausbildung konzipiert wurden. Als Serviceleistung für die Bevölkerung werden am Herbarium Artbestimmungen vorgenommen, Kulturempfehlungen für Pflanzen gegeben oder Maßnahmen gegen phytoparasitische Pilze empfohlen.

Die universitären Sammlungen dienen zur Aufbewahrung und Dokumentation von Forschungsobjekten. Sie unterstützen die Lehre indem sie historische Kontexte und abstrakte Konzepte begreifbar machen, und durch das Vermitteln sinnlich erfahrbarer Geschichten in übergreifenden Zusammenhängen. Zu Führungen und öffentlichen Veranstaltungen öffnen sie regelmäßig ihre Türen für die Öffentlichkeit.

Die Medizinhistorischen Sammlungen am Karl-Sudhoff Institut gehen auf die grundlegenden Leipziger Forschungsarbeiten von Karl Sudhoff (1853 – 1938) zurück. Seitdem wurde die Sammlung durch Ankäufe, Schenkungen und Überlassungen kontinuierlich erweitert. Die meisten Objekte stammen aus den letzten Jahrzehnten des 19. und der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Ein kleiner Teil ist sogar bis ins 16. Jahrhundert zurückzudatieren. Ausgewählte Objekte und Sonderausstellungen sind nun in neuen Räumlichkeiten auf dem Campus der Universitätsmedizin zu sehen.

Durch die Arbeit von Generationen von Geowissenschaftlern am Institut sowie durch Schenkungen bedeutender Sammler und Mäzenen ist die Geologisch-Paläontologische Sammlung der Universität Leipzig zu einer der größten und bedeutendsten Fossil- und Gesteinssammlungen der deutschen Universitätslandschaft angewachsen. Das Lehr- und Forschungsmagazin umfasst heute ca. 85.000 Stücke, die sich auf 1780 Sammlungsschübe in 110 Sammlungschränken verteilen. Die Stücke der Sammlung machen so die vielfältige geologische Vergangenheit Sachsens und Mitteldeutschlands erlebbar. Seit Mitte Mai 2019 kann man sie wieder in ihren historischen Räumen bewundern. Regelmäßige Veranstaltungen und Sonderausstellungen vermitteln einer breiten Öffentlichkeit geowissenschaftliche und paläontologische Kenntnisse über Sachsen, Mitteldeutschland und die Welt.

Allgemein dienen Karten der Wissensvermittlung, fungieren als Orientierungshilfen im Gelände, sind Zeitzeugen und häufig auch Kunstwerke. Sie dokumentieren aktuelle und historische Gegebenheiten von topographischen und thematischen Inhalten gleich welcher Art. Die Geowissenschaftliche Kartensammlung des Institutes für Geographie umfasst als Lehrsammlung insgesamt über 33 000 inventarisierte Karten, Atlanten, Reise- und Fachliteratur sowie Erläuterungen. Der größte Teil der Objekte (ca. 26 900) sind elektronisch erfasst, intern in einer Datenbank abrufbar oder stehen auch öffentlich zur Verfügung. Die Räumlichkeiten der Sammlung können nach Vereinbarung oder zu den Öffnungszeiten der Sammlung besichtigt werden.

Die Sammlung des ersten Zoologischen Museums wurde 1837 vom ersten Lehrstuhlinhaber für Zoologie, Eduard Friedrich Poeppig, eröffnet. Einen entscheidenden Beitrag leistete ab 1907 der Präparator Hermanus Hendrikus ter Meer aus Leiden mit der Dermoplastik-Technik: Diese machte die proportionsgerechte und somit lebensecht wirkende Präparation von Wirbeltieren möglich. Ein großer Teil der Sammlung wurde in den 1960er Jahre an andere Museen, darunter insbesondere das Naturkundemuseum Leipzig, übergeben.

Die Lehrsammlung Ur- und Frühgeschichte wurde kurz nach der Gründung der Leipziger Professur im Jahre 1934 durch Kurt Tackenberg angelegt. Sie besteht aus älteren Kollektionen von Bürgern und antiquarischen Gesellschaften Leipzigs, die durch gezielte Ankäufe erweitert wurde. Trotz großer Verluste während des Zweiten Weltkrieges wuchs der Bestand auf über 10.000 Artefakte an. Die Originalfunde und Kopien bietet einen umfassenden Überblick über alle Epochen der Ur- und Frühgeschichte Mitteleuropas, vom altsteinzeitlichen Faustkeil (1 Mio. Jahre vor heute) bis zur mittelalterlichen Ofenkachel (14. Jh.). Sie werden bis heute intensiv in die Lehre der Professur einbezogen. Eine Besichtigung ist nur nach Voranmeldung und bei Sonderveranstaltung möglich.